В интернет има доста потребители защитаващи и съответно отхвърлящи поддръжката на сървър на едната и на другата операционна система. В крайна сметка и двете системи имат своите положителни и отрицателни качества, важното е за каква цел ще бъдат използвани. Също така защитата зависи от администраторите, а не от операционните системи.
И двете операционни системи предлагат FTP достъп до Вашите файлове, но Linux предлагат също и telnet или ssh достъп. FTP е съкращение от File Transfer Protocol. Има различен FTP софтуер, който служи за прехвърляне на данни от Вашият твърд диск до web пространството, което сте избрали. Telnet или ssh са начин, по който чрез прозорец директно на Web сървъра се извършва манипулирането на Вашите файлове.
И двете операционни системи обслужват добре HTML или Javascript език за програмиране. CGI и Perl се срещат по-често под Linux, както и PHP, но ASP е по-типично за Windows. Също така Windows предлагат ASP.NET на Microsoft .NET Framework, позволявайки програмирането на ASP под .NET език по избор.
Ако се нуждаете от база данни за Вашият динамичен проект, тогава Вие ще се нуждаете от Access Support или MySQL. Първият начин може да се поддържа единствено под Windows, докато MySQL преобладава и под двете операционни системи, но по-често може да бъде забелязан под Linux.
При избор на хостинг се съобразявайте главно с Вашите нужди, а не с операционната система.